Unsere Schülerinnen und Schüler werden grundsätzlich in Regelklassen unterrichtet. Kinder und Jugendliche mit besonderem Förderbedarf werden in den Klassen von ihren Lehrpersonen und von Schulischen Heilpädagogen unterstützt und gefördert. Dank dieser integrativen Schulungsform können mehr als 95 % der Herisauer Kinder in ihrem Quartier die Schule besuchen. Erst in der Oberstufe werden die Jugendlichen in separaten Stammklassen mit grundlegenden (Realschule) beziehungsweise mit erhöhten (Sekundarschule) Anforderungen unterrichtet.

Fremdsprachige Kinder, die keine oder nur geringe Deutschkenntnisse besitzen, erhalten ergänzend zum Unterricht in der Klasse zusätzlichen Deutschunterricht. Sie können aber auch in einer speziellen Klasse (Integrationsklasse) auf den Übertritt in eine Regelklasse vorbereitet werden.

Seit dem Schuljahr 1998/99 liegt die operative Führung der Schule Herisau bei der Schulleitung. Dazu gehören die pädagogische, die personelle, die organisatorische, die finanzielle und die administrative Führung sowie die Überprüfung des Berufsauftrages der Lehrenden.